然而，不少人士都坦言，跨区域兼并重组面临的地方保护，国企和民营企业因为不同所有制而出现的种种重组难题，都给这些行业兼并重组实现大集团战略出了难题。
“拿稀土来说，五矿、中铝、中色等央企都跃跃欲试希望通过兼并重组角逐稀土行业三甲，但是随之而来是各个地方政府以省为单位建立大集团进行‘对峙’，这不仅造成了稀土行业兼并重组的困难，也会在某种程度上加剧产能过剩。”一位稀土行业人士说。
一位不愿意透露姓名的知情人士形象地点出了其中的“奥秘”，地方政府需要税收和解决就业，而兼并重组必然会带来一些产能的淘汰和税收的变化，地方政府自然不乐意，这些利益错综复杂让本来应该“市场化”的兼并重组非常困难。
“地方保护阻碍了兼并重组。”一位医药行业的资深人士对记者表示，从医药工业来看，我国医药工业的产能过剩比较严重，估计过剩约50%，国家应该鼓励一个集团内部生产资源的集中化和规模化，然而这恰恰为地方政府所不容，因为地方要求税收及就业，所以地方不会允许原来在本地的企业集中到自己区域外，最终一个集团内部生产资源的集中化和规模化成泡影。
上述协调小组成员指出，受到相关体制机制的掣肘，我国兼并重组的案例主要是“大吃小”，而国外的相关案例主要是“强强联合”。国内企业在看待兼并重组时有一个误区，一定要等到企业产能过剩严重，负债率高企时才愿意和其他企业谈兼并重组，但这时候企业再推进转型升级的时机已经非常晚了，成本也已经非常高了。
他进一步表示，在基层调研的过程中，两个国有企业在重组之前进行资产评估时发现，由于历史原因，土地等资产是无偿划拨的，但如今因为资产升值较快，要交很大一笔税，成为企业重组时的沉重负担。实际上，财税部门已有土地增值税的相关规定，但地方仍然倾向于“一事一批”。“这意味着，企业要想很多‘法子’，跑很多部门，左协调，右协调，每一次都是艰难的讨价还价的过程。”此外，一个中央企业(如鞍钢)和一个地方企业(如本钢)重组，企业税收如何在中央和地方之间分成，也成为阻碍企业兼并重组的体制性因素。
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