检测农药和兽药残留的主要方法包括气相色谱、高效液相色谱法和色-质联用检测法等，所用的仪器为GC、HPLC、GC-MSLC-MS-MS，后二类仪器多用于确认和多残检测。国际上GC、GC-MS、GC-MS-MS的高端产品为Agilent、Shimadzu、Thermo-Fisher、PerkinElmer、Varian等统领;LC、LC-MS和LC-MS-MS的高档产品为Thermo-Fisher、Waters、ABI、Agilent、PerkinElmer、Dionex、Varian等统领。目前，国内产品虽然在整体上不能与国外产品相媲美，但近几年来在GC、LC、GC-MS方面取得了长足进展，如北京东西电子、上海精科、天美、伍丰、温岭、北分、依利特等家的产品赢得了用户的好评，并拥有一定的市场空间。
原子吸收光谱法(AAS)和电感耦合等离子发射光谱法(ICP)是食品中有毒有害物质最经典的检测方法，尤其是AAS最为普及。近几年来ICP与MS联用(ICP-MS)检出限可达到ng级，得到重视。国外著名的生产厂家为：Thermo-Fisher、PerkinElemer、Shimazu、Varian、Agilent、JenaAG等;国内AAS生产厂家有普析通用、东西电子、瑞利、上海精科、上海光谱、天美等，近年来其技术得到大幅度提升和完善，主要技术指标已接近国外同档水平，且价格便宜，具有一定的竞争力。而另一种仪器原子荧光光谱仪(AFS)用于检测砷、铅、汞、锡、硒、锗、锑等元素，灵敏度高、检出限低、可多元素同时检测。原子荧光光谱仪是目前我国具有自主知识产权的产品，主要厂家有吉天、海光、瑞利等，其中吉天还生产LC-AFS，即元素价态检测仪，其灵敏度、检出限均能满足农产品、食品安全检测的要求，且性价比高，产品不仅满足国内需求，且已有外商代理、销往国外。国外在此方面起步比较早，发展比较快，许多产品较成熟，且部分已商品化。对于国内检测设备制造企业而言，要不断在产品的稳定性、可靠性、操作自动化、智能化方面进行研发，还应该逐步健全售后服务体系。
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