目前，金沙江干流已规划25个梯级水电开发项目，其中过半已经开始施工建设甚至投入运行。科考队发现，随着水电的开发，整个金沙江干流正在变成一串首尾相接的大型水库。科考队在对金沙江下游已经建成的水电站进行考察后发现，大坝建成后，原来的急流型河流生态系统被以深水、静水为特征的水库生态系统所替代，导致依靠急流险滩生存的鱼类失去栖息地。
专家分析认为，石鼓段渔业资源之所以严重衰退，其主要原因就是由于石鼓以上江段二、三级支流的高密度水电开发，极大地压缩了以溪流为产卵场的水生生物生存空间，难以有效控制的违法捕捞行为则加剧了这一影响，导致大量鱼类物种濒危，甚至濒临灭绝。
除了对水生生物带来灭绝性的直接影响，梯级水电的建设还改变了上游的水沙通量，从而对长江中下游水沙变化规律、河流湿地生态系统的分布产生影响。对此，中科院水生生物研究所研究员陈毅峰表示：“目前大型水电枢纽环境影响的评价，都是针对单一水电项目孤立进行的，总体上缺乏对梯级水电叠加影响的综合评价，无法评估梯级水电开发对整个流域、对中长期可能产生的风险。而支流的大量小水电则基本没有环境影响评价。”
呼吁长江10年禁渔
赤水河是长江上游迄今为止唯一一条干流尚未建坝的一级支流，其干流和多数二级支流至今仍保持与长江的自然连通，因而成为长江上游特有鱼类为代表的水生生物的重要栖息地或产卵场。尽管如此，这“最后的净土”仍然面临着沿江产业开发和人类活动带来的重重威胁。“赤水河上将要修建一条深水航道，计划今年9月开工。这一工程需要进行炸礁、河道取直等一系列作业，由此带来的赤水河水文环境变化难以避免。”赵依民介绍。
面对困难的环境，专家们也提出了一些拯救长江鱼类的方案：“在金沙江全流域大规模水电开发不可阻止的大趋势下，选择赤水河、通天河等两三条支流作为金沙江特有鱼类保护区，开展抢救性的保护，是避免长江上游鱼类大规模灭绝的可行的替代方案。”赵依民表示。“为了修复严重退化的渔业资源，应该尽快开展长江全流域的十年禁渔，为长江的渔业资源留下休养生息的时间和空间。”WWF上海项目办公室负责人任文伟表示。
本次科考3次采样发现的17种鱼类
外来物种：鲤鱼、鲫鱼、德国镜鲤变种
原有物种：裸腹叶须鱼、犁头鳅、四川裂腹鱼、青石爬鮡、宽鳍鱲、赤眼鳟、花鱼骨、银鮈、蛇鮈、中华倒刺鲃、大鳍鳠、瓦氏黄颡鱼、粗唇鮠、光泽黄颡鱼。
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